Nick Fury (Samuel L. Jackson) fica sabendo de um ataque Skrull na Terra e sai de seu posto no espaço para investigar o que está acontecendo.
Juntamente com seu amigo Talos (Ben Mendelsohn) ele descobre que há um plano de destruição da raça humana e tomada de poder dos alienígenas, liderados por Gravik (Kingsley Ben-Adir), antigo pupilo do ex-líder da S.H.I.E.L.D. que se tornou um oponente perigoso.